ドメイン固有のデータをまとめるのにDATA_HOME を data/ などにするとよい. 以下その手順.
– index.php,pukiwiki.php の define DATA_HOME を ‘data/’ に変更.
– データ関係を data/ に移動.
$ mv {wiki,diff,backup,cache,attach,counter,trackback,plugin,skin} data/
$ chmod o+w data/{wiki,diff,backup,cache,attach,counter,trackback,plugin}
$ mv {ja.lng,pukiwiki.ini.php,default.ini.php,rules.ini.php} data/
– 望むなら lib/init.php の error_reporting を書き換えてエラーを冗長にできる(デフォルトは E_NOTICE | E_WARNING).