dcmconv: convertir l'encodage d'un fichier DICOM

SYNOPSIS

dcmconv [options] dcmfile-in dcmfile-out

DESCRIPTION

L'utilitaire dcmconv lit un fichier DICOM (dcmfile-in), effectue une conversion d'encodage et écrit les données converties dans un fichier de sortie (dcmfile-out).

PARAMÈTRES

dcmfile-in   DICOM input filename to be converted ("-" for stdin)

dcmfile-out  DICOM output filename to write to ("-" for stdout)

OPTIONS

options générales

-h --help: affiche cette aide et quitte
--version: affiche les informations de version et quitte
--arguments: affiche les arguments de ligne de commande développés
-q --quiet: mode silencieux, n'affiche ni avertissements ni erreurs
-v --verbose: mode détaillé, affiche les détails du traitement
-d --debug: mode débogage, affiche les informations de débogage
-l --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) utilise le niveau l pour la journalisation
-l --log-config [f]ilename: string: utilise le fichier de configuration f pour la journalisation

options d'entrée

+f --read-file: lit le format de fichier ou le jeu de données (par défaut)
+fo --read-file-only: lit uniquement le format de fichier
-f --read-dataset: lit le jeu de données sans les informations méta du fichier. syntaxe de transfert d'entrée :
-t= --read-xfer-auto: utilise la reconnaissance de la TS (par défaut)
-td --read-xfer-detect: ignore la TS spécifiée dans l'en-tête méta du fichier
-te --read-xfer-little: lit avec la TS explicit VR little endian
-tb --read-xfer-big: lit avec la TS explicit VR big endian
-ti --read-xfer-implicit: lit avec la TS implicit VR little endian. analyse des informations méta du fichier :
+ml --use-meta-length: utilise la longueur de groupe des informations méta du fichier (par défaut)
-ml --ignore-meta-length: ignore la longueur de groupe des informations méta du fichier. analyse des attributs de longueur impaire :
+ao --accept-odd-length: accepte les attributs de longueur impaire (par défaut)
+ae --assume-even-length: suppose que la longueur réelle est plus grande d'un octet. gestion de l'explicit VR :
+ev --use-explicit-vr: utilise l'explicit VR du jeu de données (par défaut)
-ev --ignore-explicit-vr: ignore l'explicit VR (privilégie le dictionnaire de données). gestion des VR non standard :
+vr --treat-as-unknown: traite les VR non standard comme unknown (par défaut)
-vr --assume-implicit: tente de lire avec la TS implicit VR little endian. gestion des éléments UN de longueur non définie :
+ui --enable-cp246: lit les UN de longueur non définie comme implicit VR (par défaut)
-ui --disable-cp246: lit les UN de longueur non définie comme explicit VR. gestion des éléments UN de longueur définie :
-uc --retain-un: conserve les éléments en UN (par défaut)
+uc --convert-un: convertit vers la VR réelle si elle est connue. gestion des éléments privés de longueur maximale (implicit VR) :
-sq --maxlength-dict: lit comme défini dans le dictionnaire (par défaut)
+sq --maxlength-seq: lit comme une séquence de longueur non définie. gestion des éléments de délimitation incorrects :
-rd --use-delim-items: utilise les éléments de délimitation du jeu de données (par défaut)
+rd --replace-wrong-delim: remplace les éléments de délimitation de séquence/item incorrects. gestion des éléments OB/OW illégaux de longueur non définie :
-oi --illegal-obow-rej: rejette le jeu de données contenant un élément illégal (par défaut)
+oi --illegal-obow-conv: convertit l'élément OB/OW de longueur non définie en SQ. gestion de la VOI LUT Sequence en VR OW et de longueur explicite :
-vi --illegal-voi-rej: rejette le jeu de données contenant une VOI LUT illégale (par défaut)
+vi --illegal-voi-conv: convertit la VOI LUT illégale en SQ. gestion des données de pixels de longueur explicite pour les syntaxes de transfert encapsulées :
-pe --abort-expl-pixdata: interrompt en cas de données de pixels de longueur explicite (par défaut)
+pe --use-expl-pixdata: utilise les données de pixels de longueur explicite. gestion générale des erreurs d'analyse :
+Ep --ignore-parse-errors: tente de se rétablir après des erreurs d'analyse
-Ep --handle-parse-errors: traite les erreurs d'analyse et arrête l'analyse (par défaut). autres options d'analyse :
+st --stop-after-elem [t]ag: "gggg,eeee" or dictionary name: arrête l'analyse après l'élément spécifié par t. correction automatique des données :
+dc --enable-correction: active la correction automatique des données (par défaut)
-dc --disable-correction: désactive la correction automatique des données. format bitstream de l'entrée deflate :
+bd --bitstream-deflated: attend un bitstream deflate (par défaut)
+bz --bitstream-zlib: attend un bitstream zlib deflate

options de traitement

+U8 --convert-to-utf8: convertit en UTF-8 toutes les valeurs d'élément concernées par le Specific Character Set (0008,0005)
+L1 --convert-to-latin1: convertit les valeurs d'élément concernées en ISO 8859-1
+A7 --convert-to-ascii: convertit les valeurs d'élément concernées en ASCII 7 bits
+C --convert-to-charset [c]harset: string: convertit les valeurs d'élément concernées vers le jeu de caractères spécifié par le terme défini DICOM c
-Ct --transliterate: tente d'approximer les caractères non représentables au moyen de caractères d'apparence similaire
-Cd --discard-illegal: supprime les caractères non représentables dans le jeu de caractères de destination. autres options de traitement :
-ig --no-invalid-groups: supprime les éléments dont le numéro de groupe est invalide

options de sortie

+Fm --write-new-meta-info: écrit le format de fichier avec de nouvelles informations méta (par défaut)
+F --write-file: écrit le format de fichier
-F --write-dataset: écrit le jeu de données sans les informations méta du fichier. syntaxe de transfert de sortie :
+t= --write-xfer-same: écrit avec la même TS que l'entrée (par défaut)
+te --write-xfer-little: écrit avec la TS explicit VR little endian
+tb --write-xfer-big: écrit avec la TS explicit VR big endian
+ti --write-xfer-implicit: écrit avec la TS implicit VR little endian
+td --write-xfer-deflated: écrit avec la TS explicit VR little endian deflate
+tg --write-xfer-ge: écrit avec la TS privée GE implicit VR little endian (données de pixels en big endian) (non standard). représentations de valeur postérieures à 1993 :
+u --enable-new-vr: active la prise en charge des nouvelles VR (UN/UT) (par défaut)
-u --disable-new-vr: désactive la prise en charge des nouvelles VR, convertit en OB. encodage de la longueur de groupe :
+g= --group-length-recalc: recalcule les longueurs de groupe si elles sont présentes (par défaut)
+g --group-length-create: écrit toujours avec les éléments de longueur de groupe
-g --group-length-remove: écrit toujours sans les éléments de longueur de groupe. encodage de la longueur dans les séquences et les items :
+e --length-explicit: écrit avec des longueurs explicites (par défaut)
-e --length-undefined: écrit avec des longueurs non définies
+eo --write-oversized: écrit les séquences et items de longueur explicite surdimensionnés avec une longueur non définie (par défaut)
-eo --abort-oversized: interrompt en cas de séquences/items explicites surdimensionnés. remplissage de fin de jeu de données (absent avec --write-dataset) :
-p= --padding-retain: ne modifie pas le remplissage (par défaut si --write-dataset n'est pas utilisé)
-p --padding-off: aucun remplissage (implicite avec --write-dataset)
+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer: aligne le fichier sur un multiple de f octets et les items sur un multiple de i octets. niveau de compression deflate (uniquement avec --write-xfer-deflated) :
+cl --compression-level [l]evel: integer (default: 6): 0=non compressé, 1=le plus rapide, 9=meilleure compression

JOURNALISATION

Le niveau de détail de la journalisation des différents outils en ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seules les erreurs et les avertissements sont écrits dans le flux d'erreur standard. L'option –verbose permet également de signaler des messages d'information tels que les détails du traitement. L'option –debug permet d'obtenir plus de détails sur l'activité interne, par exemple à des fins de débogage. L'option –log-level permet de sélectionner d'autres niveaux de journalisation. En mode –quiet, seules les erreurs fatales sont signalées. Dans de tels cas d'erreur très graves, l'application se termine généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation, consultez la documentation du module "oflog".

Si la sortie de la journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation des fichiers journaux), vers syslog (Unix) ou le journal des événements (Windows), l'option –log-config peut être utilisée. Ce fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers un flux de sortie particulier et de filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application qui les génère. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans < etcdir>/logger.cfg.

LIGNE DE COMMANDE

Tous les outils en ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres : les crochets entourent les valeurs facultatives (0-1), trois points de suspension à la fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées (1-n), et la combinaison des deux signifie de 0 à n valeurs.

Les options de la ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête. En général, l'ordre et la position des options de la ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'elles peuvent apparaître n'importe où). Toutefois, si des options s'excluent mutuellement, c'est la dernière occurrence, la plus à droite, qui est utilisée. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe du nom de fichier (par exemple @command.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu du fichier texte correspondant (les espaces multiples sont traités comme un séparateur unique, sauf s'ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Notez qu'un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace permet de regrouper des combinaisons courantes d'options/paramètres et évite des lignes de commande longues et peu lisibles (un exemple est fourni dans le fichier < datadir>/dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

L'utilitaire dcmconv tente de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. Par défaut, c'est-à-dire si la variable d'environnement DCMDICTPATH n'est pas définie, le fichier < datadir>/dicom.dic est chargé, sauf si le dictionnaire est intégré à l'application (par défaut sous Windows).

Il est préférable de conserver le comportement par défaut et de n'utiliser la variable d'environnement DCMDICTPATH que lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. La variable d'environnement DCMDICTPATH a le même format que la variable PATH des shells Unix, en ce sens que les deux-points (":") séparent les entrées. Sur les systèmes Windows, le point-virgule (";") est utilisé comme séparateur. Le code du dictionnaire de données tente de charger chaque fichier spécifié dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. C'est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Selon les options de ligne de commande spécifiées, l'utilitaire dcmconv tente de charger des tables de correspondance de jeux de caractères. Cela se produit lorsque DCMTK a été compilé avec la bibliothèque oficonv (ce qui est le cas par défaut) et que les tables de correspondance ne sont pas intégrées à la bibliothèque (par défaut lorsque DCMTK utilise des bibliothèques partagées).

Les fichiers de tables de correspondance sont attendus dans le < datadir> de DCMTK. La variable d'environnement DCMICONVPATH peut être utilisée pour indiquer un autre emplacement. Si un autre emplacement est indiqué, ces tables de correspondance remplacent également toutes les tables intégrées.

VOIR AUSSI

dcmdump(1)