dsrdump: afficher un fichier DICOM SR et un jeu de données

SYNOPSIS

dsrdump [options] dsrfile-in...

DESCRIPTION

dsrdump est un utilitaire qui affiche le contenu d'un document DICOM Structured Reporting (SR) (format de fichier ou jeu de données brut) sur stdout, sous forme de texte. La présentation du contenu du document suit le format proposé dans l'ouvrage de David Clunie "DICOM Structured Reporting" (PixelMed Publishing, 2000).

Si dsrdump lit un jeu de données brut (données DICOM sans en-tête méta de format de fichier), il tente de deviner la syntaxe de transfert en examinant les premiers octets du fichier. Il n'est pas toujours possible de deviner correctement la syntaxe de transfert, et il est préférable de convertir un jeu de données au format de fichier chaque fois que possible (à l'aide de l'utilitaire dcmconv). Il est également possible d'utiliser les options -f et -t[ieb] pour forcer dsrdump à lire un jeu de données avec une syntaxe de transfert particulière.

PARAMÈTRES

dsrfile-in  DICOM SR input filename to be dumped ("-" for stdin)

OPTIONS

options générales

-h --help: affiche cette aide et quitte
--version: affiche les informations de version et quitte
--arguments: affiche les arguments de ligne de commande développés
-q --quiet: mode silencieux, n'affiche ni avertissements ni erreurs
-v --verbose: mode détaillé, affiche les détails du traitement
-d --debug: mode débogage, affiche les informations de débogage
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) utilise le niveau l pour la journalisation
-lc --log-config [f]ilename: string: utilise le fichier de configuration f pour la journalisation

options d'entrée

+f --read-file: lit le format de fichier ou le jeu de données (par défaut)
+fo --read-file-only: lit uniquement le format de fichier
-f --read-dataset: lit le jeu de données sans les informations méta du fichier. syntaxe de transfert d'entrée :
-t= --read-xfer-auto: utilise la reconnaissance de la TS (par défaut)
-td --read-xfer-detect: ignore la TS spécifiée dans l'en-tête méta du fichier
-te --read-xfer-little: lit avec la TS explicit VR little endian
-tb --read-xfer-big: lit avec la TS explicit VR big endian
-ti --read-xfer-implicit: lit avec la TS implicit VR little endian

options de traitement

-Ip --processing-details: affiche l'élément de contenu en cours de traitement. gestion des erreurs :
-Er --unknown-relationship: accepte un type de relation inconnu ou manquant
-Ev --invalid-item-value: accepte une valeur d'élément de contenu invalide (par exemple violation de la définition du VR ou du VM)
-Ec --ignore-constraints: ignore les contraintes de contenu de la relation
-Ee --ignore-item-errors: n'interrompt pas en cas d'erreurs sur les éléments de contenu, se contente d'avertir (par exemple attributs manquants propres au type de valeur)
-Ei --skip-invalid-items: ignore les éléments de contenu invalides (y compris la sous-arborescence)
-Dv --disable-vr-checker: désactive la vérification de conformité au VR des valeurs de type chaîne. jeu de caractères spécifique :
+U8 --convert-to-utf8: convertit en UTF-8 toutes les valeurs d'éléments concernées par Specific Character Set (0008,0005) # nécessite la prise en charge d'une bibliothèque d'encodage de caractères sous-jacente # (voir la sortie de --version pour savoir laquelle est disponible)

options de sortie

+Pf --print-filename: affiche un en-tête avec le nom de fichier pour chaque document
-Ph --no-document-header: n'affiche pas les informations générales du document
+Pn --number-nested-items: affiche la chaîne de position devant chaque ligne
-Pn --indent-nested-items: indente les éléments imbriqués avec des espaces (par défaut). affichage des valeurs :
+Pl --print-long-values: affiche intégralement les valeurs d'élément longues
-Pl --shorten-long-values: affiche les valeurs d'élément longues sous forme raccourcie (par défaut)
+Pu --print-instance-uid: affiche l'UID d'instance SOP des objets référencés
-Ps --print-sopclass-short: affiche le nom court de la classe SOP des objets d'image référencés, par exemple "CT image" (par défaut)
+Ps --print-sopclass-long: affiche le nom complet de la classe SOP des objets référencés
+Psu --print-sopclass-uid: affiche l'UID de classe SOP des objets référencés
+Pc --print-all-codes: affiche tous les codes (y compris les codes de nom de concept)
+Pi --print-invalid-codes: affiche les codes invalides (à des fins de débogage)
-Pi --no-invalid-codes: affiche le texte "invalid code" à la place (par défaut)
+Pt --print-template-id: affiche les informations d'identification du template. mode d'encodage enrichi :
+Pe --indicate-enhanced: indique que le mode enrichi est utilisé pour les codes
-Pe --no-enhanced-mode: n'indique pas le mode enrichi (par défaut). couleur :
+C --print-color: utilise des codes d'échappement ANSI pour une sortie colorée
-C --no-color: n'utilise aucun code d'échappement ANSI (par défaut)

NOTES

Conformité DICOM

L'utilitaire dsrdump prend en charge les classes SOP suivantes :

SpectaclePrescriptionReportStorage           1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage   1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage                           1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage                            1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRStorage                       1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRStorage                     1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage                          1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographyCADSRStorage                      1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage            1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRStorage                            1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage                   1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRStorage    1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage                            1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRStorage                    1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70
AcquisitionContextSRStorage                  1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.71
SimplifiedAdultEchoSRStorage                 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.72
PatientRadiationDoseSRStorage                1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.73
PlannedImagingAgentAdministrationSRStorage   1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.74
PerformedImagingAgentAdministrationSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.75
WaveformAnnotationSRStorage                  1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.77

RenditionSelectionDocumentRealTimeCommunication 1.2.840.10008.10.4 (*)

(*) Il ne s'agit pas d'une classe SOP de stockage, mais elle est utilisée pour la Real-Time Communication.

JOURNALISATION

Le niveau de détail de la journalisation des différents outils en ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seules les erreurs et les avertissements sont écrits dans le flux d'erreur standard. L'option –verbose permet également de signaler des messages d'information tels que les détails du traitement. L'option –debug permet d'obtenir plus de détails sur l'activité interne, par exemple à des fins de débogage. L'option –log-level permet de sélectionner d'autres niveaux de journalisation. En mode –quiet, seules les erreurs fatales sont signalées. Dans de tels cas d'erreur très graves, l'application se termine généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation, consultez la documentation du module "oflog".

Si la sortie de la journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation des fichiers journaux), vers syslog (Unix) ou le journal des événements (Windows), l'option –log-config peut être utilisée. Ce fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers un flux de sortie particulier et de filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application qui les génère. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans < etcdir>/logger.cfg.

LIGNE DE COMMANDE

Tous les outils en ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres : les crochets entourent les valeurs facultatives (0-1), trois points de suspension à la fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées (1-n), et la combinaison des deux signifie de 0 à n valeurs.

Les options de la ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête. En général, l'ordre et la position des options de la ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'elles peuvent apparaître n'importe où). Toutefois, si des options s'excluent mutuellement, c'est la dernière occurrence, la plus à droite, qui est utilisée. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe du nom de fichier (par exemple @command.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu du fichier texte correspondant (les espaces multiples sont traités comme un séparateur unique, sauf s'ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Notez qu'un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace permet de regrouper des combinaisons courantes d'options/paramètres et évite des lignes de commande longues et peu lisibles (un exemple est fourni dans le fichier < datadir>/dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

L'utilitaire dsrdump tente de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. Par défaut, c'est-à-dire si la variable d'environnement DCMDICTPATH n'est pas définie, le fichier < datadir>/dicom.dic est chargé, sauf si le dictionnaire est intégré à l'application (par défaut sous Windows).

Il est préférable de conserver le comportement par défaut et de n'utiliser la variable d'environnement DCMDICTPATH que lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. La variable d'environnement DCMDICTPATH a le même format que la variable PATH des shells Unix, en ce sens que les deux-points (":") séparent les entrées. Sur les systèmes Windows, le point-virgule (";") est utilisé comme séparateur. Le code du dictionnaire de données tente de charger chaque fichier spécifié dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. C'est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Selon les options de ligne de commande spécifiées, l'utilitaire dsrdump tente de charger des tables de correspondance de jeux de caractères. Cela se produit lorsque DCMTK a été compilé avec la bibliothèque oficonv (ce qui est le cas par défaut) et que les tables de correspondance ne sont pas intégrées à la bibliothèque (par défaut lorsque DCMTK utilise des bibliothèques partagées).

Les fichiers de tables de correspondance sont attendus dans le < datadir> de DCMTK. La variable d'environnement DCMICONVPATH peut être utilisée pour indiquer un autre emplacement. Si un autre emplacement est indiqué, ces tables de correspondance remplacent également toutes les tables intégrées.

VOIR AUSSI

dcmconv(1)