dcmmkdir: Créer un fichier DICOMDIR

SYNOPSIS

dcmmkdir [options] [dcmfile-in...]

DESCRIPTION

L'utilitaire dcmmkdir crée un fichier DICOMDIR à partir des fichiers DICOM référencés indiqués, conformément aux profils d'application de stockage sur support (Media Storage Application Profiles) de la norme DICOM Part 11.

Les profils actuellement pris en charge sont les suivants (d'autres pourront être ajoutés ultérieurement) :

Échange à usage général sur CD-R (STD-GEN-CD)
Échange à usage général sur support DVD-RAM (STD-GEN-DVD-RAM)
Échange à usage général sur support BD (STD-GEN-BD)
Échange DVD à usage général avec JPEG (STD-GEN-DVD-JPEG)
Échange DVD à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-DVD-J2K)
Échange BD à usage général avec JPEG (STD-GEN-BD-JPEG)
Échange BD à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-BD-J2K)
Échange BD à usage général avec MPEG2 MP@ML (STD-GEN-BD-MPEG2-MPML)
Échange BD à usage général avec MPEG2 MP@HL (STD-GEN-BD-MPEG2-MPHL)
Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41)
Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 compatible BD (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41BD)
Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 pour vidéo 2D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-2D)
Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 pour vidéo 3D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-3D)
Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 stéréo HiP@Level4.2 (STD-GEN-BD-MPEG4-SHPLV42)
Échange USB et mémoire flash à usage général avec JPEG (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-JPEG)
Échange USB et mémoire flash à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-J2K)
Échange MIME à usage général (STD-GEN-MIME)
Échange DVD avec MPEG2 MP@ML (STD-DVD-MPEG2-MPML)
Études angiographiques cardiaques de base sur support CD-R (STD-XABC-CD)
Études angiographiques 1024 sur support CD-R (STD-XA1K-CD)
Études angiographiques 1024 sur support DVD (STD-XA1K-DVD)
Échange de radiographies dentaires (STD-DEN-CD)
Études CT/MR sur différents supports (STD-CTMR-xxxx)
Échographie monotrame pour affichage d'image (STD-US-ID-SF-xxxx)
Échographie monotrame avec étalonnage spatial (STD-US-SC-SF-xxxx)
Échographie monotrame avec étalonnage combiné (STD-US-CC-SF-xxxx)
Échographie mono- et multitrame pour affichage d'image (STD-US-ID-MF-xxxx)
Échographie mono- et multitrame avec étalonnage spatial (STD-US-SC-MF-xxxx)
Échographie mono- et multitrame avec étalonnage combiné (STD-US-CC-MF-xxxx)
Échange ECG à 12 dérivations sur disquette (STD-WVFM-ECG-FD)
Échange de formes d'onde hémodynamiques sur disquette (STD-WVFM-HD-FD)

Cet outil étend dcmgpdir, qui ne peut créer que des fichiers DICOMDIR de type General Purpose. Le comportement par défaut de dcmmkdir (avec –general-purpose) est équivalent à celui de dcmgpdir.

PARAMÈTRES

dcmfile-in  referenced DICOM file (or directory to be scanned)

OPTIONS

options générales

-h --help: affiche cette aide et quitte
--version: affiche les informations de version et quitte
--arguments: affiche les arguments de ligne de commande développés
-q --quiet: mode silencieux, n'affiche ni avertissements ni erreurs
-v --verbose: mode détaillé, affiche les détails du traitement
-d --debug: mode débogage, affiche les informations de débogage
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) utilise le niveau l pour la journalisation
-lc --log-config [f]ilename: string: utilise le fichier de configuration f pour le journal

options d'entrée

+F --fileset-id [i]d: string: utilise un ID de file-set spécifique (par défaut : DCMTK_MEDIA_DEMO, "" pour aucun)
+R --descriptor [f]ilename: string: ajoute un ID de fichier descripteur de file-set (par ex. README, par défaut : aucun descripteur)
+C --char-set [c]harset: string: ajoute un jeu de caractères spécifique pour le descripteur (par défaut : "ISO_IR 100" si un descripteur est présent) reading:
+id --input-directory [d]irectory: string: lit les fichiers DICOM référencés depuis le répertoire d (par défaut pour --recurse : répertoire courant)
-m --keep-filenames: suppose que les noms de fichiers sont au format DICOM (par défaut)
+m --map-filenames: convertit en noms de fichiers DICOM (minuscules->majuscules, et suppression du point final)
-r --no-recurse: ne parcourt pas récursivement les répertoires (par défaut)
+r --recurse: parcourt récursivement les répertoires du système de fichiers
+p --pattern [p]attern: string (only with --recurse): motif de correspondance de noms de fichiers (caractères génériques) # peut ne pas être disponible sur tous les systèmes

options de traitement

-W --no-consistency-check: ne vérifie pas la cohérence des fichiers
+W --warn-inconsist-files: avertit en cas de fichiers incohérents (par défaut)
-a --abort-inconsist-file: interrompt au premier fichier incohérent type 1 attributes:
-I --strict: quitte avec une erreur si des attributs de type 1 du DICOMDIR sont manquants dans le fichier DICOM (par défaut)
+I --invent: invente les attributs de type 1 du DICOMDIR s'ils sont manquants dans le fichier DICOM
+Ipi --invent-patient-id: invente un nouveau PatientID en cas d'attributs PatientName incohérents other checks:
+Nrs --allow-retired-sop: autorise les classes SOP retirées définies dans des éditions antérieures de la norme DICOM
-Nxc --no-xfer-check: ne rejette pas les images avec une syntaxe de transfert non standard (avertit seulement)
-Nec --no-encoding-check: ne rejette pas les images avec un encodage de pixels non standard (avertit seulement)
-Nrc --no-resolution-check: ne rejette pas les images avec une résolution spatiale non standard (avertit seulement) icon images:
+X --add-icon-image: ajoute une image d'icône monochrome au niveau IMAGE (par défaut pour les profils cardiaques)
-Xs --icon-image-size [s]ize: integer (1..128): largeur et hauteur de l'image d'icône (en pixels) (fixe : 128 pour XA, 64 pour le profil CT/MR)
-Xi --icon-file-prefix [p]refix: string: utilise l'image PGM 'prefix'+'dcmfile-in' comme icône (par défaut : crée l'icône à partir de l'image DICOM)
-Xd --default-icon [f]ilename: string: utilise l'image PGM indiquée si l'icône ne peut pas être créée automatiquement (par défaut : image noire)

options de sortie

+D --output-file [f]ilename: string: génère le fichier DICOMDIR indiqué (par défaut : DICOMDIR dans le répertoire courant) profiles:
-Pgp --general-purpose: Échange à usage général sur CD-R, DVD-RAM ou support BD (STD-GEN-CD/DVD-RAM/BD, par défaut)
-Pdv --general-dvd-jpeg: Échange DVD à usage général avec JPEG (STD-GEN-DVD-JPEG)
-Pd2 --general-dvd-j2k: Échange DVD à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-DVD-J2K)
-Pbd --general-bd-jpeg: Échange BD à usage général avec JPEG (STD-GEN-BD-JPEG)
-Pb2 --general-bd-j2k: Échange BD à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-BD-J2K)
-Pbm --general-bd-mpeg2-mpml: Échange BD à usage général avec MPEG2 MP@ML (STD-GEN-BD-MPEG2-MPML)
-Pbh --general-bd-mpeg2-mphl: Échange BD à usage général avec MPEG2 MP@HL (STD-GEN-BD-MPEG2-MPHL)
-Pba --general-bd-mpeg4-hp: Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41)
-Pbb --general-bd-mpeg4-hpbd: Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 compatible BD (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41BD)
--general-bd-mpeg4-hp2d: Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 pour vidéo 2D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-2D)
--general-bd-mpeg4-hp3d: Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 pour vidéo 3D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-3D)
--general-bd-mpeg4-hpst: Échange BD à usage général avec MPEG-4 AVC/H.264 stéréo HiP@Level4.2 (STD-GEN-BD-MPEG4-SHPLV42)
-Pfl --usb-and-flash-jpeg: Échange USB/mémoire flash à usage général avec JPEG (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-JPEG)
-Pf2 --usb-and-flash-j2k: Échange USB/mémoire flash à usage général avec JPEG 2000 (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-J2K)
-Pmi --general-mime: Échange MIME à usage général (STD-GEN-MIME)
-Pmp --mpeg2-mpml-dvd: Échange DVD avec MPEG2 Main Profile @ Main Level (STD-DVD-MPEG2-MPML)
-Pbc --basic-cardiac: Études angiographiques cardiaques de base sur support CD-R (STD-XABC-CD)
-Pxa --xray-angiographic: Études angiographiques 1024 sur support CD-R (STD-XA1K-CD)
-Pxd --xray-angiographic-dvd: Études angiographiques 1024 sur support DVD (STD-XA1K-DVD)
-Pde --dental-radiograph: Échange de radiographies dentaires (STD-DEN-CD)
-Pcm --ct-and-mr: Études CT/MR (STD-CTMR-xxxx)
-Pus --ultrasound-id-sf: Échographie monotrame pour affichage d'image (STD-US-ID-SF-xxxx)
--ultrasound-sc-sf: Échographie monotrame avec étalonnage spatial (STD-US-SC-SF-xxxx)
--ultrasound-cc-sf: Échographie monotrame avec étalonnage combiné (STD-US-CC-SF-xxxx)
-Pum --ultrasound-id-mf: Échographie mono- et multitrame pour affichage d'image (STD-US-ID-MF-xxxx)
--ultrasound-sc-mf: Échographie mono- et multitrame avec étalonnage spatial (STD-UD-SC-MF-xxxx)
--ultrasound-cc-mf: Échographie mono- et multitrame avec étalonnage combiné (STD-UD-CC-MF-xxxx)
-Pec --12-lead-ecg: Échange ECG à 12 dérivations sur disquette (STD-WVFM-ECG-FD)
-Phd --hemodynamic-waveform: Échange de formes d'onde hémodynamiques sur disquette (STD-WVFM-HD-FD) writing:
-A --replace: remplace le DICOMDIR existant (par défaut)
+A --append: ajoute au DICOMDIR existant
+U --update: met à jour le DICOMDIR existant
-w --discard: n'écrit pas le DICOMDIR backup:
--create-backup: crée une sauvegarde du DICOMDIR existant (par défaut)
-nb --no-backup: ne crée pas de sauvegarde du DICOMDIR existant post-1993 value representations:
+u --enable-new-vr: active la prise en charge des nouvelles VR (UN/UT) (par défaut)
-u --disable-new-vr: désactive la prise en charge des nouvelles VR, convertit en OB group length encoding:
-g --group-length-remove: écrit sans éléments de longueur de groupe (par défaut)
+g --group-length-create: écrit avec des éléments de longueur de groupe length encoding in sequences and items:
+e --length-explicit: écrit avec des longueurs explicites (par défaut)
-e --length-undefined: écrit avec des longueurs non définies

NOTES

Tous les fichiers indiqués sur la ligne de commande (ou découverts en examinant récursivement le contenu des répertoires avec l'option +r) sont d'abord évalués quant à leur compatibilité avec le profil d'application de stockage sur support indiqué (Part 11). Seuls les fichiers appropriés, codés avec l'une des syntaxes de transfert autorisées, seront acceptés. Les fichiers dont le nom n'est pas valide seront rejetés (ces règles peuvent être assouplies via l'option +m). Les fichiers auxquels il manque des attributs requis seront rejetés (l'option +I permet d'assouplir ce comportement).

Un fichier DICOMDIR n'est construit que si tous les fichiers ont passé les tests initiaux.

L'utilitaire dcmmkdir permet également d'ajouter de nouvelles entrées à un fichier DICOMDIR et de mettre à jour les entrées existantes. Avec l'option +A, les nouvelles entrées sont uniquement ajoutées au DICOMDIR, c'est-à-dire que les enregistrements existants, comme ceux des informations PATIENT, ne sont pas mis à jour. Avec l'option +U, les enregistrements existants sont également mis à jour selon les informations trouvées dans les fichiers DICOM référencés. Notez que ce processus de mise à jour peut être plus lent qu'un simple ajout de nouvelles entrées. Il garantit néanmoins que les informations supplémentaires requises par le profil d'application sélectionné sont également ajoutées aux enregistrements existants.

La prise en charge des images d'icône est actuellement limitée aux images monochromes. Cela pourrait changer à l'avenir. En attendant, les images couleur sont automatiquement converties en niveaux de gris. La taille de l'icône est de 128128 pixels pour les profils cardiaques (comme l'exige la norme DICOM) et de 6464 pour tous les autres.

Parcours des répertoires

Il est possible d'ajouter des fichiers à partir de répertoires en utilisant l'option –recurse. Si aucun autre paramètre n'est indiqué sur la ligne de commande, le répertoire indiqué par l'option –input-directory (par défaut : répertoire courant) est parcouru à la recherche de fichiers. Si des paramètres sont indiqués, ils peuvent désigner soit un nom de fichier, soit un nom de répertoire ; le répertoire d'entrée leur est toujours ajouté en préfixe. Si les fichiers des répertoires fournis doivent être sélectionnés selon un motif de nom particulier (par exemple au moyen de caractères génériques), l'option –pattern doit être utilisée. Notez que ce motif de fichiers ne s'applique qu'aux fichiers situés dans les répertoires parcourus, et que, si d'autres motifs sont spécifiés sur la ligne de commande en dehors de l'option –input-directory (par exemple pour sélectionner d'autres fichiers), ceux-ci ne s'appliquent pas aux répertoires indiqués.

JOURNALISATION

Le niveau de détail de la journalisation des différents outils en ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seules les erreurs et les avertissements sont écrits dans le flux d'erreur standard. L'option –verbose permet également de signaler des messages d'information tels que les détails du traitement. L'option –debug permet d'obtenir plus de détails sur l'activité interne, par exemple à des fins de débogage. L'option –log-level permet de sélectionner d'autres niveaux de journalisation. En mode –quiet, seules les erreurs fatales sont signalées. Dans de tels cas d'erreur très graves, l'application se termine généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation, consultez la documentation du module "oflog".

Si la sortie de la journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation des fichiers journaux), vers syslog (Unix) ou le journal des événements (Windows), l'option –log-config peut être utilisée. Ce fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers un flux de sortie particulier et de filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application qui les génère. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans < etcdir>/logger.cfg.

LIGNE DE COMMANDE

Tous les outils en ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres : les crochets entourent les valeurs facultatives (0-1), trois points de suspension à la fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées (1-n), et la combinaison des deux signifie de 0 à n valeurs.

Les options de la ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête. En général, l'ordre et la position des options de la ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'elles peuvent apparaître n'importe où). Toutefois, si des options s'excluent mutuellement, c'est la dernière occurrence, la plus à droite, qui est utilisée. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe du nom de fichier (par exemple @command.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu du fichier texte correspondant (les espaces multiples sont traités comme un séparateur unique, sauf s'ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Notez qu'un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace permet de regrouper des combinaisons courantes d'options/paramètres et évite des lignes de commande longues et peu lisibles (un exemple est fourni dans le fichier < datadir>/dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

L'utilitaire dcmmkdir tente de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. Par défaut, c'est-à-dire si la variable d'environnement DCMDICTPATH n'est pas définie, le fichier < datadir>/dicom.dic est chargé, sauf si le dictionnaire est intégré à l'application (par défaut sous Windows).

Il est préférable de conserver le comportement par défaut et de n'utiliser la variable d'environnement DCMDICTPATH que lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. La variable d'environnement DCMDICTPATH a le même format que la variable PATH des shells Unix, en ce sens que les deux-points (":") séparent les entrées. Sur les systèmes Windows, le point-virgule (";") est utilisé comme séparateur. Le code du dictionnaire de données tente de charger chaque fichier spécifié dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. C'est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

VOIR AUSSI

dcmgpdir(1)