dcmmkdir: Criar um arquivo DICOMDIR

SINOPSE

dcmmkdir [options] [dcmfile-in...]

DESCRIÇÃO

O aplicativo dcmmkdir cria um arquivo DICOMDIR a partir dos arquivos DICOM referenciados especificados, de acordo com os perfis de aplicação de armazenamento em mídia (Media Storage Application Profiles) da Parte 11 do DICOM.

Atualmente, os seguintes perfis são compatíveis (outros poderão ser adicionados futuramente):

Intercâmbio de uso geral em CD-R (STD-GEN-CD)
Intercâmbio de uso geral em mídia DVD-RAM (STD-GEN-DVD-RAM)
Intercâmbio de uso geral em mídia BD (STD-GEN-BD)
Intercâmbio de DVD de uso geral com JPEG (STD-GEN-DVD-JPEG)
Intercâmbio de DVD de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-DVD-J2K)
Intercâmbio de BD de uso geral com JPEG (STD-GEN-BD-JPEG)
Intercâmbio de BD de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-BD-J2K)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG2 MP@ML (STD-GEN-BD-MPEG2-MPML)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG2 MP@HL (STD-GEN-BD-MPEG2-MPHL)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 compatível com BD (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41BD)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 para vídeo 2D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-2D)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 para vídeo 3D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-3D)
Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 estéreo HiP@Level4.2 (STD-GEN-BD-MPEG4-SHPLV42)
Intercâmbio de USB e memória flash de uso geral com JPEG (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-JPEG)
Intercâmbio de USB e memória flash de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-J2K)
Intercâmbio MIME de uso geral (STD-GEN-MIME)
Intercâmbio de DVD com MPEG2 MP@ML (STD-DVD-MPEG2-MPML)
Estudos angiográficos cardíacos básicos por raio X em mídia CD-R (STD-XABC-CD)
Estudos angiográficos 1024 por raio X em mídia CD-R (STD-XA1K-CD)
Estudos angiográficos 1024 por raio X em mídia DVD (STD-XA1K-DVD)
Intercâmbio de radiografias odontológicas (STD-DEN-CD)
Estudos de CT/MR em várias mídias (STD-CTMR-xxxx)
Ultrassom de quadro único para exibição de imagem (STD-US-ID-SF-xxxx)
Ultrassom de quadro único com calibração espacial (STD-US-SC-SF-xxxx)
Ultrassom de quadro único com calibração combinada (STD-US-CC-SF-xxxx)
Ultrassom de quadro único e multiquadro para exibição de imagem (STD-US-ID-MF-xxxx)
Ultrassom de quadro único e multiquadro com calibração espacial (STD-US-SC-MF-xxxx)
Ultrassom de quadro único e multiquadro com calibração combinada (STD-US-CC-MF-xxxx)
Intercâmbio de ECG de 12 derivações em disquete (STD-WVFM-ECG-FD)
Intercâmbio de formas de onda hemodinâmicas em disquete (STD-WVFM-HD-FD)

Esta ferramenta estende o dcmgpdir, que só pode criar arquivos DICOMDIR de uso geral. O comportamento padrão do dcmmkdir (com –general-purpose) é equivalente ao do dcmgpdir.

PARÂMETROS

dcmfile-in  referenced DICOM file (or directory to be scanned)

OPÇÕES

opções gerais

-h --help: exibe este texto de ajuda e sai
--version: exibe as informações de versão e sai
--arguments: exibe os argumentos de linha de comando expandidos
-q --quiet: modo silencioso, não exibe avisos nem erros
-v --verbose: modo detalhado, exibe os detalhes do processamento
-d --debug: modo de depuração, exibe informações de depuração
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) usa o nível l para o logger
-lc --log-config [f]ilename: string: usa o arquivo de configuração f para o logger

opções de entrada

+F --fileset-id [i]d: string: usa um ID de file-set específico (padrão: DCMTK_MEDIA_DEMO, "" para nenhum)
+R --descriptor [f]ilename: string: adiciona um ID de arquivo descritor de file-set (por exemplo, README; padrão: nenhum descritor)
+C --char-set [c]harset: string: adiciona um conjunto de caracteres específico para o descritor (padrão: "ISO_IR 100" se houver descritor) reading:
+id --input-directory [d]irectory: string: lê os arquivos DICOM referenciados a partir do diretório d (padrão para --recurse: diretório atual)
-m --keep-filenames: espera que os nomes de arquivo estejam no formato DICOM (padrão)
+m --map-filenames: converte para nomes de arquivo DICOM (minúsculas->maiúsculas e remove o ponto final)
-r --no-recurse: não percorre os diretórios recursivamente (padrão)
+r --recurse: percorre recursivamente os diretórios do sistema de arquivos
+p --pattern [p]attern: string (only with --recurse): padrão para correspondência de nomes de arquivo (curingas) # possivelmente não disponível em todos os sistemas

opções de processamento

-W --no-consistency-check: não verifica a consistência dos arquivos
+W --warn-inconsist-files: avisa sobre arquivos inconsistentes (padrão)
-a --abort-inconsist-file: interrompe no primeiro arquivo inconsistente type 1 attributes:
-I --strict: sai com erro se os atributos type 1 do DICOMDIR estiverem ausentes no arquivo DICOM (padrão)
+I --invent: inventa os atributos type 1 do DICOMDIR se estiverem ausentes no arquivo DICOM
+Ipi --invent-patient-id: inventa um novo PatientID em caso de atributos PatientName inconsistentes other checks:
+Nrs --allow-retired-sop: permite classes SOP retiradas definidas em edições anteriores do padrão DICOM
-Nxc --no-xfer-check: não rejeita imagens com sintaxe de transferência não padrão (apenas avisa)
-Nec --no-encoding-check: não rejeita imagens com codificação de pixel não padrão (apenas avisa)
-Nrc --no-resolution-check: não rejeita imagens com resolução espacial não padrão (apenas avisa) icon images:
+X --add-icon-image: adiciona uma imagem de ícone monocromática no nível IMAGE (padrão para perfis cardíacos)
-Xs --icon-image-size [s]ize: integer (1..128): largura e altura da imagem de ícone (em pixels) (fixo: 128 para XA, 64 para o perfil CT/MR)
-Xi --icon-file-prefix [p]refix: string: usa a imagem PGM 'prefix'+'dcmfile-in' como ícone (padrão: cria o ícone a partir da imagem DICOM)
-Xd --default-icon [f]ilename: string: usa a imagem PGM especificada se o ícone não puder ser criado automaticamente (padrão: imagem preta)

opções de saída

+D --output-file [f]ilename: string: gera um arquivo DICOMDIR específico (padrão: DICOMDIR no diretório atual) profiles:
-Pgp --general-purpose: Intercâmbio de uso geral em CD-R, DVD-RAM ou mídia BD (STD-GEN-CD/DVD-RAM/BD, padrão)
-Pdv --general-dvd-jpeg: Intercâmbio de DVD de uso geral com JPEG (STD-GEN-DVD-JPEG)
-Pd2 --general-dvd-j2k: Intercâmbio de DVD de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-DVD-J2K)
-Pbd --general-bd-jpeg: Intercâmbio de BD de uso geral com JPEG (STD-GEN-BD-JPEG)
-Pb2 --general-bd-j2k: Intercâmbio de BD de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-BD-J2K)
-Pbm --general-bd-mpeg2-mpml: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG2 MP@ML (STD-GEN-BD-MPEG2-MPML)
-Pbh --general-bd-mpeg2-mphl: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG2 MP@HL (STD-GEN-BD-MPEG2-MPHL)
-Pba --general-bd-mpeg4-hp: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41)
-Pbb --general-bd-mpeg4-hpbd: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.1 compatível com BD (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV41BD)
--general-bd-mpeg4-hp2d: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 para vídeo 2D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-2D)
--general-bd-mpeg4-hp3d: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 HiP@Level4.2 para vídeo 3D (STD-GEN-BD-MPEG4-HPLV42-3D)
--general-bd-mpeg4-hpst: Intercâmbio de BD de uso geral com MPEG-4 AVC/H.264 estéreo HiP@Level4.2 (STD-GEN-BD-MPEG4-SHPLV42)
-Pfl --usb-and-flash-jpeg: Intercâmbio de USB/memória flash de uso geral com JPEG (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-JPEG)
-Pf2 --usb-and-flash-j2k: Intercâmbio de USB/memória flash de uso geral com JPEG 2000 (STD-GEN-USB/MMC/CF/SD-J2K)
-Pmi --general-mime: Intercâmbio MIME de uso geral (STD-GEN-MIME)
-Pmp --mpeg2-mpml-dvd: Intercâmbio de DVD com MPEG2 Main Profile @ Main Level (STD-DVD-MPEG2-MPML)
-Pbc --basic-cardiac: Estudos angiográficos cardíacos básicos por raio X em mídia CD-R (STD-XABC-CD)
-Pxa --xray-angiographic: Estudos angiográficos 1024 por raio X em mídia CD-R (STD-XA1K-CD)
-Pxd --xray-angiographic-dvd: Estudos angiográficos 1024 por raio X em mídia DVD (STD-XA1K-DVD)
-Pde --dental-radiograph: Intercâmbio de radiografias odontológicas (STD-DEN-CD)
-Pcm --ct-and-mr: Estudos de CT/MR (STD-CTMR-xxxx)
-Pus --ultrasound-id-sf: Ultrassom de quadro único para exibição de imagem (STD-US-ID-SF-xxxx)
--ultrasound-sc-sf: Ultrassom de quadro único com calibração espacial (STD-US-SC-SF-xxxx)
--ultrasound-cc-sf: Ultrassom de quadro único com calibração combinada (STD-US-CC-SF-xxxx)
-Pum --ultrasound-id-mf: Ultrassom de quadro único e multiquadro para exibição de imagem (STD-US-ID-MF-xxxx)
--ultrasound-sc-mf: Ultrassom de quadro único e multiquadro com calibração espacial (STD-UD-SC-MF-xxxx)
--ultrasound-cc-mf: Ultrassom de quadro único e multiquadro com calibração combinada (STD-UD-CC-MF-xxxx)
-Pec --12-lead-ecg: Intercâmbio de ECG de 12 derivações em disquete (STD-WVFM-ECG-FD)
-Phd --hemodynamic-waveform: Intercâmbio de formas de onda hemodinâmicas em disquete (STD-WVFM-HD-FD) writing:
-A --replace: substitui o DICOMDIR existente (padrão)
+A --append: anexa ao DICOMDIR existente
+U --update: atualiza o DICOMDIR existente
-w --discard: não grava o DICOMDIR backup:
--create-backup: cria um backup do DICOMDIR existente (padrão)
-nb --no-backup: não cria um backup do DICOMDIR existente post-1993 value representations:
+u --enable-new-vr: habilita o suporte a novos VRs (UN/UT) (padrão)
-u --disable-new-vr: desabilita o suporte a novos VRs, converte para OB. codificação do comprimento de grupo:
-g --group-length-remove: grava sem elementos de comprimento de grupo (padrão)
+g --group-length-create: grava com elementos de comprimento de grupo length encoding in sequences and items:
+e --length-explicit: grava com comprimentos explícitos (padrão)
-e --length-undefined: grava com comprimentos indefinidos

NOTAS

Todos os arquivos especificados na linha de comando (ou descobertos ao examinar recursivamente o conteúdo dos diretórios com a opção +r) são inicialmente avaliados quanto à compatibilidade com o perfil de aplicação de armazenamento em mídia especificado (Parte 11). Somente os arquivos apropriados, codificados com uma das sintaxes de transferência permitidas, serão aceitos. Arquivos com nomes de arquivo inválidos serão rejeitados (essas regras podem ser flexibilizadas por meio da opção +m). Arquivos com atributos obrigatórios ausentes serão rejeitados (a opção +I pode flexibilizar esse comportamento).

Um arquivo DICOMDIR só será construído se todos os arquivos tiverem passado nos testes iniciais.

O aplicativo dcmmkdir também permite anexar novas entradas e atualizar entradas existentes em um arquivo DICOMDIR. Usando a opção +A, novas entradas são apenas anexadas ao DICOMDIR, ou seja, os registros existentes, como os das informações de PATIENT, não são atualizados. Usando a opção +U, os registros existentes também são atualizados de acordo com as informações encontradas nos arquivos DICOM referenciados. Observe que esse processo de atualização pode ser mais lento do que simplesmente anexar novas entradas. No entanto, ele garante que as informações adicionais exigidas pelo perfil de aplicação selecionado também sejam adicionadas aos registros existentes.

O suporte a imagens de ícone atualmente está restrito a imagens monocromáticas. Isso pode mudar no futuro. Até lá, as imagens coloridas são convertidas automaticamente para o modo de tons de cinza. O tamanho do ícone é de 128128 pixels para os perfis cardíacos (conforme exigido pelo padrão DICOM) e de 6464 para todos os outros.

Varredura de diretórios

É possível adicionar arquivos de diretórios usando a opção –recurse. Se nenhum outro parâmetro de linha de comando for informado, o diretório especificado pela opção –input-directory (padrão: diretório atual) é varrido em busca de arquivos. Se parâmetros forem informados, eles podem especificar um nome de arquivo ou de diretório; o diretório de entrada é sempre anteposto. Caso os arquivos nos diretórios informados precisem ser selecionados de acordo com um padrão de nome específico (por exemplo, usando correspondência com curingas), a opção –pattern deve ser usada. Observe que esse padrão de arquivo se aplica somente aos arquivos dentro dos diretórios varridos e que, se outros padrões forem especificados na linha de comando fora da opção –input-directory (por exemplo, para selecionar outros arquivos), eles não se aplicam aos diretórios especificados.

REGISTRO DE LOG

O nível de detalhamento do log das diversas ferramentas de linha de comando e das bibliotecas subjacentes pode ser especificado pelo usuário. Por padrão, apenas erros e avisos são gravados no fluxo de erro padrão. Ao usar a opção –verbose, mensagens informativas, como detalhes do processamento, também são relatadas. A opção –debug pode ser usada para obter mais detalhes sobre a atividade interna, por exemplo, para fins de depuração. Outros níveis de log podem ser selecionados com a opção –log-level. No modo –quiet, apenas erros fatais são relatados. Nesses casos de erro muito graves, o aplicativo normalmente é encerrado. Para mais detalhes sobre os diferentes níveis de log, consulte a documentação do módulo "oflog".

Caso a saída do log deva ser gravada em arquivo (opcionalmente com rotação de arquivo de log), no syslog (Unix) ou no log de eventos (Windows), pode-se usar a opção –log-config. Esse arquivo de configuração também permite direcionar apenas determinadas mensagens para um fluxo de saída específico e filtrar certas mensagens com base no módulo ou aplicativo em que são geradas. Um arquivo de configuração de exemplo é fornecido em < etcdir>/logger.cfg.

LINHA DE COMANDO

Todas as ferramentas de linha de comando usam a seguinte notação para os parâmetros: colchetes delimitam valores opcionais (0-1), reticências no final indicam que múltiplos valores são permitidos (1-n), e a combinação dos dois significa de 0 a n valores.

As opções de linha de comando se distinguem dos parâmetros por um sinal '+' ou '-' à frente. Normalmente, a ordem e a posição das opções de linha de comando são arbitrárias (ou seja, podem aparecer em qualquer lugar). No entanto, se as opções forem mutuamente exclusivas, é usada a ocorrência mais à direita. Esse comportamento está em conformidade com as regras de avaliação padrão dos shells Unix comuns.

Além disso, um ou mais arquivos de comando podem ser especificados usando um sinal '@' como prefixo do nome do arquivo (por exemplo, @command.txt). Esse argumento de comando é substituído pelo conteúdo do arquivo de texto correspondente (múltiplos espaços em branco são tratados como um único separador, a menos que apareçam entre duas aspas) antes de qualquer avaliação posterior. Observe que um arquivo de comando não pode conter outro arquivo de comando. Essa abordagem simples, mas eficaz, permite agrupar combinações comuns de opções/parâmetros e evita linhas de comando longas e confusas (um exemplo é fornecido no arquivo < datadir>/dumppat.txt).

AMBIENTE

O aplicativo dcmmkdir tentará carregar os dicionários de dados DICOM especificados na variável de ambiente DCMDICTPATH. Por padrão, ou seja, se a variável de ambiente DCMDICTPATH não estiver definida, o arquivo < datadir>/dicom.dic será carregado, a menos que o dicionário esteja incorporado ao aplicativo (padrão para Windows).

É preferível manter o comportamento padrão e usar a variável de ambiente DCMDICTPATH apenas quando dicionários de dados alternativos forem necessários. A variável de ambiente DCMDICTPATH tem o mesmo formato da variável PATH dos shells Unix, em que dois-pontos (":") separam as entradas. Em sistemas Windows, um ponto e vírgula (";") é usado como separador. O código do dicionário de dados tenta carregar cada arquivo especificado na variável de ambiente DCMDICTPATH. Ocorre um erro se nenhum dicionário de dados puder ser carregado.

VEJA TAMBÉM

dcmgpdir(1)