dcmdjpls: Decodificar um arquivo DICOM comprimido em JPEG-LS

SINOPSE

dcmdjpls [options] dcmfile-in dcmfile-out

DESCRIÇÃO

O utilitário dcmdjpls lê uma imagem DICOM comprimida em JPEG-LS (dcmfile-in), descomprime os dados JPEG-LS (ou seja, realiza a conversão para uma sintaxe de transferência DICOM nativa) e grava a imagem convertida em um arquivo de saída (dcmfile-out).

PARÂMETROS

dcmfile-in   DICOM input filename to be converted ("-" for stdin)

dcmfile-out  DICOM output filename ("-" for stdout)

OPÇÕES

opções gerais

-h --help: exibe este texto de ajuda e sai
--version: exibe as informações de versão e sai
--arguments: exibe os argumentos de linha de comando expandidos
-q --quiet: modo silencioso, não exibe avisos nem erros
-v --verbose: modo detalhado, exibe os detalhes do processamento
-d --debug: modo de depuração, exibe informações de depuração
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) usa o nível l para o logger
-lc --log-config [f]ilename: string: usa o arquivo de configuração f para o logger

opções de entrada

+f --read-file: lê o formato de arquivo ou o conjunto de dados (padrão)
+fo --read-file-only: lê apenas o formato de arquivo
-f --read-dataset: lê o conjunto de dados sem metainformações de arquivo # Esta opção permite descomprimir objetos DICOM comprimidos em JPEG-LS que # foram armazenados como conjunto de dados sem meta-cabeçalho. Tal coisa não deveria # existir, já que a sintaxe de transferência não pode ser determinada de forma confiável sem # meta-cabeçalho, mas infelizmente ela existe.

opções de processamento

+pr --planar-restore: restaura a planar configuration original (padrão) # Se a imagem comprimida for uma imagem colorida, restaura a planar # configuration conforme descrito no atributo Planar Configuration.
+pa --planar-auto: determina automaticamente a planar configuration a partir da classe SOP e do espaço de cor # Se a imagem comprimida for uma imagem colorida, armazena em planar # configuration color-by-plane se exigido pela classe SOP e pela # interpretação fotométrica. As imagens Hardcopy Color são sempre armazenadas color-by- # plane, e os objetos de imagem Ultrasound revisados são armazenados color-by- # plane se o modelo de cor for YBR_FULL. Tudo o mais é armazenado # color-by-pixel.
+px --color-by-pixel: sempre armazena color-by-pixel # Se a imagem comprimida for uma imagem colorida, armazena em planar configuration color-by-pixel.
+pl --color-by-plane: sempre armazena color-by-plane # Se a imagem comprimida for uma imagem colorida, armazena em planar configuration color-by-plane. SOP Instance UID:
+ud --uid-default: mantém o mesmo SOP Instance UID (padrão) # Nunca atribui um novo SOP instance UID.
+ua --uid-always: sempre atribui um novo UID # Sempre atribui um novo SOP instance UID. workaround options for incorrect JPEG-LS encodings:
+wi --workaround-incpl: habilita a solução alternativa para dados JPEG-LS incompletos other processing options:
+io --ignore-offsettable: ignora a tabela de deslocamento ao descomprimir

opções de saída

+F --write-file: grava no formato de arquivo (padrão)
-F --write-dataset: grava o conjunto de dados sem as informações meta do arquivo. sintaxe de transferência de saída:
+te --write-xfer-little: grava em explicit VR little endian (padrão)
+tb --write-xfer-big: grava com a TS explicit VR big endian
+ti --write-xfer-implicit: grava em implicit VR little endian TS representações de valor pós-1993:
+u --enable-new-vr: habilita o suporte a novos VRs (UN/UT) (padrão)
-u --disable-new-vr: desabilita o suporte a novos VRs, converte para OB. codificação do comprimento de grupo:
+g= --group-length-recalc: recalcula os comprimentos de grupo, se presentes (padrão)
+g --group-length-create: sempre grava com elementos de comprimento de grupo
-g --group-length-remove: sempre grava sem elementos de comprimento de grupo. codificação de comprimento em sequências e itens:
+e --length-explicit: grava com comprimentos explícitos (padrão)
-e --length-undefined: grava com comprimentos indefinidos preenchimento final do conjunto de dados (não com --write-dataset):
-p= --padding-retain: não altera o preenchimento (padrão se --write-dataset não for usado)
-p --padding-off: sem preenchimento (implícito com --write-dataset)
+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer: alinha o arquivo em um múltiplo de f bytes e os itens em um múltiplo de i bytes

SINTAXES DE TRANSFERÊNCIA

dcmdjpls oferece suporte às seguintes sintaxes de transferência para entrada (dcmfile-in):

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
DeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax   1.2.840.10008.1.2.1.99 (*)
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2
JPEGLSLosslessTransferSyntax                   1.2.840.10008.1.2.4.80
JPEGLSLossyTransferSyntax                      1.2.840.10008.1.2.4.81

(*) se compilado com suporte a zlib habilitado

dcmdjpls oferece suporte às seguintes sintaxes de transferência para saída (dcmfile-out):

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2

REGISTRO DE LOG

O nível de detalhamento do log das diversas ferramentas de linha de comando e das bibliotecas subjacentes pode ser especificado pelo usuário. Por padrão, apenas erros e avisos são gravados no fluxo de erro padrão. Ao usar a opção –verbose, mensagens informativas, como detalhes do processamento, também são relatadas. A opção –debug pode ser usada para obter mais detalhes sobre a atividade interna, por exemplo, para fins de depuração. Outros níveis de log podem ser selecionados com a opção –log-level. No modo –quiet, apenas erros fatais são relatados. Nesses casos de erro muito graves, o aplicativo normalmente é encerrado. Para mais detalhes sobre os diferentes níveis de log, consulte a documentação do módulo "oflog".

Caso a saída do log deva ser gravada em arquivo (opcionalmente com rotação de arquivo de log), no syslog (Unix) ou no log de eventos (Windows), pode-se usar a opção –log-config. Esse arquivo de configuração também permite direcionar apenas determinadas mensagens para um fluxo de saída específico e filtrar certas mensagens com base no módulo ou aplicativo em que são geradas. Um arquivo de configuração de exemplo é fornecido em < etcdir>/logger.cfg.

LINHA DE COMANDO

Todas as ferramentas de linha de comando usam a seguinte notação para os parâmetros: colchetes delimitam valores opcionais (0-1), reticências no final indicam que múltiplos valores são permitidos (1-n), e a combinação dos dois significa de 0 a n valores.

As opções de linha de comando se distinguem dos parâmetros por um sinal '+' ou '-' à frente. Normalmente, a ordem e a posição das opções de linha de comando são arbitrárias (ou seja, podem aparecer em qualquer lugar). No entanto, se as opções forem mutuamente exclusivas, é usada a ocorrência mais à direita. Esse comportamento está em conformidade com as regras de avaliação padrão dos shells Unix comuns.

Além disso, um ou mais arquivos de comando podem ser especificados usando um sinal '@' como prefixo do nome do arquivo (por exemplo, @command.txt). Esse argumento de comando é substituído pelo conteúdo do arquivo de texto correspondente (múltiplos espaços em branco são tratados como um único separador, a menos que apareçam entre duas aspas) antes de qualquer avaliação posterior. Observe que um arquivo de comando não pode conter outro arquivo de comando. Essa abordagem simples, mas eficaz, permite agrupar combinações comuns de opções/parâmetros e evita linhas de comando longas e confusas (um exemplo é fornecido no arquivo < datadir>/dumppat.txt).

AMBIENTE

O utilitário dcmdjpls tentará carregar os dicionários de dados DICOM especificados na variável de ambiente DCMDICTPATH. Por padrão, ou seja, se a variável de ambiente DCMDICTPATH não estiver definida, o arquivo < datadir>/dicom.dic será carregado, a menos que o dicionário esteja integrado ao aplicativo (padrão para Windows).

É preferível manter o comportamento padrão e usar a variável de ambiente DCMDICTPATH apenas quando dicionários de dados alternativos forem necessários. A variável de ambiente DCMDICTPATH tem o mesmo formato da variável PATH dos shells Unix, em que dois-pontos (":") separam as entradas. Em sistemas Windows, um ponto e vírgula (";") é usado como separador. O código do dicionário de dados tenta carregar cada arquivo especificado na variável de ambiente DCMDICTPATH. Ocorre um erro se nenhum dicionário de dados puder ser carregado.

VEJA TAMBÉM

dcmcjpls(1)