dcmdjpls: Décoder un fichier DICOM compressé en JPEG-LS

SYNOPSIS

dcmdjpls [options] dcmfile-in dcmfile-out

DESCRIPTION

dcmdjpls est un utilitaire qui lit une image DICOM compressée en JPEG-LS (dcmfile-in), décompresse les données JPEG-LS (c'est-à-dire effectue une conversion vers une syntaxe de transfert DICOM native) et écrit l'image convertie dans un fichier de sortie (dcmfile-out).

PARAMÈTRES

dcmfile-in   DICOM input filename to be converted ("-" for stdin)

dcmfile-out  DICOM output filename ("-" for stdout)

OPTIONS

options générales

-h --help: affiche cette aide et quitte
--version: affiche les informations de version et quitte
--arguments: affiche les arguments de ligne de commande développés
-q --quiet: mode silencieux, n'affiche ni avertissements ni erreurs
-v --verbose: mode détaillé, affiche les détails du traitement
-d --debug: mode débogage, affiche les informations de débogage
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) utilise le niveau l pour la journalisation
-lc --log-config [f]ilename: string: utilise le fichier de configuration f pour le journal

options d'entrée

+f --read-file: lit le format de fichier ou le jeu de données (par défaut)
+fo --read-file-only: lit uniquement le format de fichier
-f --read-dataset: lit un jeu de données sans informations de méta-fichier # Cette option permet de décompresser des objets DICOM compressés en JPEG-LS qui ont été stockés comme jeu de données sans méta-en-tête. Une telle chose ne devrait pas exister puisque la syntaxe de transfert ne peut pas être déterminée de façon fiable sans méta-en-tête, mais elle existe malheureusement.

options de traitement

+pr --planar-restore: restaure la planar configuration d'origine (par défaut) # Si l'image compressée est une image couleur, restaure la planar configuration comme décrit dans l'attribut Planar Configuration.
+pa --planar-auto: détermine automatiquement la planar configuration à partir de la classe SOP et de l'espace colorimétrique # Si l'image compressée est une image couleur, stocke en planar configuration color-by-plane si la classe SOP et l'interprétation photométrique l'exigent. Les images Hardcopy Color sont toujours stockées en color-by-plane, et les objets image Ultrasound révisés sont stockés en color-by-plane si le modèle colorimétrique est YBR_FULL. Tout le reste est stocké en color-by-pixel.
+px --color-by-pixel: stocke toujours en color-by-pixel # Si l'image compressée est une image couleur, stocke en planar configuration color-by-pixel.
+pl --color-by-plane: stocke toujours en color-by-plane # Si l'image compressée est une image couleur, stocke en planar configuration color-by-plane. SOP Instance UID :
+ud --uid-default: conserve le même SOP Instance UID (par défaut) # N'attribue jamais de nouveau SOP instance UID.
+ua --uid-always: attribue toujours un nouvel UID # Attribue toujours un nouveau SOP instance UID. workaround options for incorrect JPEG-LS encodings :
+wi --workaround-incpl: active le contournement pour des données JPEG-LS incomplètes other processing options :
+io --ignore-offsettable: ignore la table de décalage lors de la décompression

options de sortie

+F --write-file: écrit au format fichier (par défaut)
-F --write-dataset: écrit un jeu de données sans informations de méta-fichier syntaxe de transfert de sortie :
+te --write-xfer-little: écrit en explicit VR little endian (par défaut)
+tb --write-xfer-big: écrit en explicit VR big endian TS
+ti --write-xfer-implicit: écrit en implicit VR little endian TS représentations de valeur post-1993 :
+u --enable-new-vr: active la prise en charge des nouvelles VR (UN/UT) (par défaut)
-u --disable-new-vr: désactive la prise en charge des nouvelles VR, convertit en OB encodage de la longueur de groupe :
+g= --group-length-recalc: recalcule les longueurs de groupe si elles sont présentes (par défaut)
+g --group-length-create: écrit toujours avec les éléments de longueur de groupe
-g --group-length-remove: écrit toujours sans les éléments de longueur de groupe encodage de la longueur dans les séquences et les éléments :
+e --length-explicit: écrit avec des longueurs explicites (par défaut)
-e --length-undefined: écrit avec des longueurs indéfinies remplissage de fin de jeu de données (pas avec --write-dataset) :
-p= --padding-retain: ne modifie pas le remplissage (par défaut si pas --write-dataset)
-p --padding-off: aucun remplissage (implicite si --write-dataset)
+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer: aligne le fichier sur un multiple de f octets et les éléments sur un multiple de i octets

SYNTAXES DE TRANSFERT

dcmdjpls prend en charge les syntaxes de transfert suivantes pour l'entrée (dcmfile-in) :

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
DeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax   1.2.840.10008.1.2.1.99 (*)
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2
JPEGLSLosslessTransferSyntax                   1.2.840.10008.1.2.4.80
JPEGLSLossyTransferSyntax                      1.2.840.10008.1.2.4.81

(*) si compilé avec la prise en charge de zlib activée

dcmdjpls prend en charge les syntaxes de transfert suivantes pour la sortie (dcmfile-out) :

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2

JOURNALISATION

Le niveau de détail de la journalisation des différents outils en ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seules les erreurs et les avertissements sont écrits dans le flux d'erreur standard. L'option –verbose permet également de signaler des messages d'information tels que les détails du traitement. L'option –debug permet d'obtenir plus de détails sur l'activité interne, par exemple à des fins de débogage. L'option –log-level permet de sélectionner d'autres niveaux de journalisation. En mode –quiet, seules les erreurs fatales sont signalées. Dans de tels cas d'erreur très graves, l'application se termine généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation, consultez la documentation du module "oflog".

Si la sortie de la journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation des fichiers journaux), vers syslog (Unix) ou le journal des événements (Windows), l'option –log-config peut être utilisée. Ce fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers un flux de sortie particulier et de filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application qui les génère. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans < etcdir>/logger.cfg.

LIGNE DE COMMANDE

Tous les outils en ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres : les crochets entourent les valeurs facultatives (0-1), trois points de suspension à la fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées (1-n), et la combinaison des deux signifie de 0 à n valeurs.

Les options de la ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête. En général, l'ordre et la position des options de la ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'elles peuvent apparaître n'importe où). Toutefois, si des options s'excluent mutuellement, c'est la dernière occurrence, la plus à droite, qui est utilisée. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe du nom de fichier (par exemple @command.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu du fichier texte correspondant (les espaces multiples sont traités comme un séparateur unique, sauf s'ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Notez qu'un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace permet de regrouper des combinaisons courantes d'options/paramètres et évite des lignes de commande longues et peu lisibles (un exemple est fourni dans le fichier < datadir>/dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

L'utilitaire dcmdjpls tentera de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. Par défaut, c'est-à-dire si la variable d'environnement DCMDICTPATH n'est pas définie, le fichier < datadir>/dicom.dic sera chargé, à moins que le dictionnaire ne soit intégré à l'application (par défaut sous Windows).

Il est préférable de conserver le comportement par défaut et de n'utiliser la variable d'environnement DCMDICTPATH que lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. La variable d'environnement DCMDICTPATH a le même format que la variable PATH des shells Unix, en ce sens que les deux-points (":") séparent les entrées. Sur les systèmes Windows, le point-virgule (";") est utilisé comme séparateur. Le code du dictionnaire de données tente de charger chaque fichier spécifié dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. C'est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

VOIR AUSSI

dcmcjpls(1)