dcmquant: convertir des images couleur DICOM en couleur de palette

SYNOPSIS

dcmquant [options] dcmfile-in dcmfile-out

DESCRIPTION

L'utilitaire dcmquant lit une image couleur DICOM, calcule pour cette image une table de correspondance des couleurs de palette (LUT) de la taille souhaitée (d'après l'algorithme median cut publié par Paul Heckbert) et convertit l'image couleur en image DICOM en couleurs de palette.

PARAMÈTRES

dcmfile-in   DICOM input filename to be converted ("-" for stdin)

dcmfile-out  DICOM output filename to be written ("-" for stdout)

OPTIONS

options générales

-h --help: affiche cette aide et quitte
--version: affiche les informations de version et quitte
--arguments: affiche les arguments de ligne de commande développés
-q --quiet: mode silencieux, n'affiche ni avertissements ni erreurs
-v --verbose: mode détaillé, affiche les détails du traitement
-d --debug: mode débogage, affiche les informations de débogage
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) utilise le niveau l pour la journalisation
-lc --log-config [f]ilename: string: utilise le fichier de configuration f pour la journalisation

options d'entrée

+f --read-file: lit le format de fichier ou le jeu de données (par défaut)
+fo --read-file-only: lit uniquement le format de fichier
-f --read-dataset: lit le jeu de données sans les informations méta du fichier. syntaxe de transfert d'entrée :
-t= --read-xfer-auto: utilise la reconnaissance de la TS (par défaut)
-td --read-xfer-detect: ignore la TS spécifiée dans l'en-tête méta du fichier
-te --read-xfer-little: lit avec la TS explicit VR little endian
-tb --read-xfer-big: lit avec la TS explicit VR big endian
-ti --read-xfer-implicit: lit avec la TS implicit VR little endian

options de traitement et d'encodage d'image

+F --frame [n]umber: integer: sélectionne l'image spécifiée
+Fa --all-frames: sélectionne toutes les images (par défaut) compatibilité :
+Mp --accept-palettes: accepte les tags d'attribut de palette incorrects (0028,111x) et (0028,121x) sélection de la dimension du median cut :
+Dr --mc-dimension-rgb: dimension maximale à partir de la plage RGB (par défaut)
+Dl --mc-dimension-lum: dimension maximale à partir de la luminance sélection de la couleur représentative du median cut :
+Cb --mc-color-avgbox: moyenne des couleurs dans la boîte (par défaut)
+Cp --mc-color-avgpixel: moyenne des pixels dans la boîte
+Cc --mc-color-center: sélectionne la couleur du centre de la boîte représentation de la valeur de palette :
+pw --write-ow: écrit la LUT de palette en OW (par défaut)
+pu --write-us: écrit la LUT de palette en US (retiré) création de la palette de couleurs :
+pe --lut-entries-word: écrit la LUT de palette avec des entrées 16 bits
+pf --floyd-steinberg: utilise la diffusion d'erreur de Floyd-Steinberg
+pc --colors number of colors: 2..65536 (default 256): nombre de couleurs à quantifier SOP Class UID :
+cd --class-default: conserve le SOP Class UID (par défaut)
+cs --class-sc: convertit en Secondary Capture Image (implique --uid-always) SOP Instance UID :
+ua --uid-always: attribue toujours un nouvel UID (par défaut)
+un --uid-never: n'attribue jamais de nouvel UID

options de sortie

+F --write-file: écrit le format de fichier (par défaut)
-F --write-dataset: écrit le jeu de données sans les informations méta du fichier. syntaxe de transfert de sortie :
+t= --write-xfer-same: écrit avec la même TS que l'entrée (par défaut)
+te --write-xfer-little: écrit avec la TS explicit VR little endian
+tb --write-xfer-big: écrit avec la TS explicit VR big endian
+ti --write-xfer-implicit: écrit avec la TS implicit VR little endian représentations de valeur postérieures à 1993 :
+u --enable-new-vr: active la prise en charge des nouvelles VR (UN/UT) (par défaut)
-u --disable-new-vr: désactive la prise en charge des nouvelles VR, convertit en OB. encodage de la longueur de groupe :
+g= --group-length-recalc: recalcule les longueurs de groupe si elles sont présentes (par défaut)
+g --group-length-create: écrit toujours avec les éléments de longueur de groupe
-g --group-length-remove: écrit toujours sans les éléments de longueur de groupe. encodage de la longueur dans les séquences et les items :
+e --length-explicit: écrit avec des longueurs explicites (par défaut)
-e --length-undefined: écrit avec des longueurs non définies. remplissage de fin de jeu de données (absent avec --write-dataset) :
-p= --padding-retain: ne modifie pas le remplissage (par défaut si --write-dataset n'est pas utilisé)
-p --padding-off: aucun remplissage (implicite avec --write-dataset)
+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer: aligne le fichier sur un multiple de f octets et les items sur un multiple de i octets

JOURNALISATION

Le niveau de détail de la journalisation des différents outils en ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seules les erreurs et les avertissements sont écrits dans le flux d'erreur standard. L'option –verbose permet également de signaler des messages d'information tels que les détails du traitement. L'option –debug permet d'obtenir plus de détails sur l'activité interne, par exemple à des fins de débogage. L'option –log-level permet de sélectionner d'autres niveaux de journalisation. En mode –quiet, seules les erreurs fatales sont signalées. Dans de tels cas d'erreur très graves, l'application se termine généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation, consultez la documentation du module "oflog".

Si la sortie de la journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation des fichiers journaux), vers syslog (Unix) ou le journal des événements (Windows), l'option –log-config peut être utilisée. Ce fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers un flux de sortie particulier et de filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application qui les génère. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans < etcdir>/logger.cfg.

LIGNE DE COMMANDE

Tous les outils en ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres : les crochets entourent les valeurs facultatives (0-1), trois points de suspension à la fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées (1-n), et la combinaison des deux signifie de 0 à n valeurs.

Les options de la ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête. En général, l'ordre et la position des options de la ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'elles peuvent apparaître n'importe où). Toutefois, si des options s'excluent mutuellement, c'est la dernière occurrence, la plus à droite, qui est utilisée. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe du nom de fichier (par exemple @command.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu du fichier texte correspondant (les espaces multiples sont traités comme un séparateur unique, sauf s'ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Notez qu'un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace permet de regrouper des combinaisons courantes d'options/paramètres et évite des lignes de commande longues et peu lisibles (un exemple est fourni dans le fichier < datadir>/dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

L'utilitaire dcmquant tente de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. Par défaut, c'est-à-dire si la variable d'environnement DCMDICTPATH n'est pas définie, le fichier < datadir>/dicom.dic est chargé, sauf si le dictionnaire est intégré à l'application (par défaut sous Windows).

Il est préférable de conserver le comportement par défaut et de n'utiliser la variable d'environnement DCMDICTPATH que lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. La variable d'environnement DCMDICTPATH a le même format que la variable PATH des shells Unix, en ce sens que les deux-points (":") séparent les entrées. Sur les systèmes Windows, le point-virgule (";") est utilisé comme séparateur. Le code du dictionnaire de données tente de charger chaque fichier spécifié dans la variable d'environnement DCMDICTPATH. C'est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.