dcmdjpls: JPEG-LS 圧縮された DICOM ファイルをデコードする

書式

dcmdjpls [options] dcmfile-in dcmfile-out

説明

dcmdjpls は JPEG-LS で圧縮された DICOM 画像（dcmfile-in）を読み込み、JPEG-LS データを展開（すなわちネイティブな DICOM 転送構文へ変換）して、変換後の画像を出力ファイル（dcmfile-out）に書き出すユーティリティです。

引数

dcmfile-in   DICOM input filename to be converted ("-" for stdin)

dcmfile-out  DICOM output filename ("-" for stdout)

オプション

全般オプション

-h --help: このヘルプを表示して終了します
--version: バージョン情報を表示して終了します
--arguments: 展開後のコマンドライン引数を表示します
-q --quiet: 静音モード。警告およびエラーを表示しません
-v --verbose: 詳細表示モード。処理の詳細を表示します
-d --debug: デバッグモード。デバッグ情報を表示します
-ll --log-level [l]evel: string constant: (fatal, error, warn, info, debug, trace) ロガーにレベル l を使用します
-lc --log-config [f]ilename: string: ロガーに設定ファイル f を使用します

入力オプション

+f --read-file: ファイル形式またはデータセットを読み込みます（既定値）
+fo --read-file-only: ファイル形式のみを読み込みます
-f --read-dataset: メタ情報を持たないデータセットとして読み込みます # メタヘッダなしでデータセットとして保存された JPEG-LS 圧縮 DICOM オブジェクトを展開できます。メタヘッダなしでは転送構文を確実に判定できないため、本来そのようなものは存在すべきではないのですが、残念ながら実在します。

処理オプション

+pr --planar-restore: 元のプレーン構成を復元します（既定値） # 圧縮画像がカラー画像の場合、Planar Configuration 属性に記述されたとおりにプレーン構成を復元します。
+pa --planar-auto: SOP クラスと色空間からプレーン構成を自動判定します # 圧縮画像がカラー画像の場合、SOP クラスおよび測光解釈が必要とするなら color-by-plane のプレーン構成で保存します。Hardcopy Color 画像は常に color-by-plane で保存され、改訂版の Ultrasound 画像オブジェクトはカラーモデルが YBR_FULL の場合に color-by-plane で保存されます。それ以外はすべて color-by-pixel で保存します。
+px --color-by-pixel: 常に color-by-pixel で保存します # 圧縮画像がカラー画像の場合、color-by-pixel のプレーン構成で保存します。
+pl --color-by-plane: 常に color-by-plane で保存します # 圧縮画像がカラー画像の場合、color-by-plane のプレーン構成で保存します。SOP Instance UID:
+ud --uid-default: 同じ SOP Instance UID を保持します（既定値） # 新しい SOP インスタンス UID を一切割り当てません。
+ua --uid-always: 常に新しい UID を割り当てます # 常に新しい SOP インスタンス UID を割り当てます。workaround options for incorrect JPEG-LS encodings:
+wi --workaround-incpl: 不完全な JPEG-LS データに対する回避策を有効にします other processing options:
+io --ignore-offsettable: 展開時にオフセットテーブルを無視します

出力オプション

+F --write-file: ファイル形式で書き出します（既定値）
-F --write-dataset: ファイルメタ情報なしのデータセットとして書き出します output transfer syntax:
+te --write-xfer-little: explicit VR リトルエンディアンで書き出します（既定値）
+tb --write-xfer-big: explicit VR ビッグエンディアン TS で書き出します
+ti --write-xfer-implicit: implicit VR リトルエンディアン TS で書き出します post-1993 value representations:
+u --enable-new-vr: 新しい VR（UN/UT）のサポートを有効にします（既定値）
-u --disable-new-vr: 新しい VR のサポートを無効にし、OB に変換します group length encoding:
+g= --group-length-recalc: グループ長が存在する場合に再計算します（既定値）
+g --group-length-create: 常にグループ長要素を付けて書き出します
-g --group-length-remove: 常にグループ長要素を付けずに書き出します length encoding in sequences and items:
+e --length-explicit: explicit な長さで書き出します（既定値）
-e --length-undefined: undefined な長さで書き出します data set trailing padding (not with --write-dataset):
-p= --padding-retain: パディングを変更しません（--write-dataset でない場合の既定値）
-p --padding-off: パディングなし（--write-dataset では暗黙的に適用）
+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer: ファイルを f バイトの倍数に、アイテムを i バイトの倍数に整列します

転送構文

dcmdjpls は入力（dcmfile-in）について次の転送構文をサポートします。

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
DeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax   1.2.840.10008.1.2.1.99 (*)
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2
JPEGLSLosslessTransferSyntax                   1.2.840.10008.1.2.4.80
JPEGLSLossyTransferSyntax                      1.2.840.10008.1.2.4.81

(*) zlib サポートを有効にしてコンパイルした場合

dcmdjpls は出力（dcmfile-out）について次の転送構文をサポートします。

LittleEndianImplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2
LittleEndianExplicitTransferSyntax             1.2.840.10008.1.2.1
BigEndianExplicitTransferSyntax                1.2.840.10008.1.2.2

ロギング

各コマンドラインツールおよびその基盤となるライブラリのロギング出力レベルは、ユーザーが指定できます。既定ではエラーと警告のみが標準エラー出力に書き出されます。オプション –verbose を使うと、処理の詳細などの情報メッセージも報告されます。オプション –debug は内部動作のより詳しい情報を、たとえばデバッグ目的で利用できます。その他のロギングレベルはオプション –log-level で選択できます。–quiet モードでは致命的エラーのみが報告されます。そのような非常に重大なエラーが発生した場合、アプリケーションは通常終了します。各ロギングレベルの詳細については、モジュール "oflog" のドキュメントを参照してください。

ロギング出力をファイルに書き出す場合（必要に応じてログファイルのローテーションを伴う）、あるいは syslog（Unix）やイベントログ（Windows）に書き出す場合は、オプション –log-config を使用できます。この設定ファイルでは、特定のメッセージだけを特定の出力ストリームへ振り分けたり、メッセージを生成したモジュールやアプリケーションに基づいて特定のメッセージをフィルタリングしたりすることもできます。設定ファイルの例は < etcdir>/logger.cfg に用意されています。

コマンドライン

すべてのコマンドラインツールは、引数について次の記法を用います。角括弧は省略可能な値（0〜1個）を囲み、末尾の三点は複数の値（1〜n個）が許されることを示し、両者の組み合わせは 0〜n 個の値を意味します。

コマンドラインオプションは、先頭の '+' または '-' によって引数と区別されます。通常、コマンドラインオプションの順序や位置は任意です（つまりどこに現れてもよい）。ただし、オプションが互いに排他的な場合は、最も右側に現れたものが使用されます。この挙動は一般的な Unix シェルの標準的な評価規則に従います。

さらに、ファイル名の前に '@' を付けることで、1個以上のコマンドファイルを指定できます（例: @command.txt）。このようなコマンド引数は、以降の評価に先立って、対応するテキストファイルの内容に置き換えられます（連続する空白は、引用符で囲まれていない限り単一の区切りとして扱われます）。なお、コマンドファイルの中に別のコマンドファイルを含めることはできません。この単純ながら効果的な仕組みにより、よく使うオプションや引数の組み合わせをまとめて、長く分かりにくいコマンドラインを避けられます（例は < datadir>/dumppat.txt に用意されています）。

環境変数

dcmdjpls ユーティリティは、環境変数 DCMDICTPATH に指定された DICOM データ辞書の読み込みを試みます。既定では、すなわち環境変数 DCMDICTPATH が設定されていない場合、データ辞書がアプリケーションに組み込まれていない限り（Windows では既定で組み込み）、ファイル < datadir>/dicom.dic が読み込まれます。

通常は既定の動作が望ましく、環境変数 DCMDICTPATH は別のデータ辞書が必要な場合にのみ使用すべきです。環境変数 DCMDICTPATH の形式は Unix シェルの PATH 変数と同じで、コロン（":"）でエントリを区切ります。Windows システムではセミコロン（";"）が区切り文字として使われます。データ辞書のコードは DCMDICTPATH に指定された各ファイルの読み込みを試みます。1つもデータ辞書を読み込めない場合はエラーとなります。